Племенной конный завод Вологодский разводит две породы лошадей: русскую тяжеловозную и русскую рысистую. По обеим породам предприятие подтвердило статусы: племенного завода и племенного репродуктора соответственно.
В настоящее время большее количество лошадей завода относится к русской тяжеловозной породе (поголовье лошадей 188 голов, из них русская тяжеловозная 121 голова и русская рысистая - 67 голов).
Русский тяжеловоз, разводимый в Вологодском конном заводе, это результат планомерной племенной работы по созданию некрупной, но экономичной сельскохозяйственной лошади, сочетающей хорошую работоспособность, добрый нрав и гармоничность сложения с неприхотливостью к условиям кормления и содержания. Срок племенной службы многих жеребцов и кобыл продолжается до 20-27-летнего возраста.
Высокая ценность поголовья лошадей завода подтверждена за последние годы на Всероссийских конских выставках. Лошади русской тяжеловозной породы имеют три золотые медали Российской агропромышленной выставки Золотая осень (2017, 2018 и 2022 годы).
В Вологодской области и других регионах России лошади русской тяжеловозной породы пользуются спросом. В 2022 году конный завод реализовал 14 голов молодняка лошадей русской тяжеловозной породы в Вологодскую область и другие регионы России: Костромскую, Ярославскую, Омскую области и Краснодарский край, за 5 последних лет продано 128 голов молодняка лошадей русской тяжеловозной породы.
Русская рысистая порода самая молодая из рысистых пород. Рысаки используются как спортивные лошади, а также для улучшения местных пород.
Лошади русской рысистой породы конного завода имеют крепкую сухую конституцию, хорошее развитие мускулатуры и скороспелость. Эти качества позволяют им успешно выступать на ипподромах России. Ежегодно на чемпионатах русских троек России тройка СПК ПКЗ Вологодский под руководством мастера-тренера Алексея Павловича Чистякова занимает первые места.